Berdasarkan Peraturan Desa Sidokerto Nomor 2 Tahun 2017, Susunan Organisasi Pemerintah Desa terdiri dari:
Kepala Desa
Sekretaris Desa
Kepala Urusan Keuangan
Kepala Urusan Umum dan Tata Usaha
Kepala Urusan Perencanaan
Kepala Seksi Pemerintahan
Kepala Seksi Kesejahteraan
Kepala Seksi Pelayanan
Kepala Dusun Branjang
Kepala Dusun Jetak
Kepala Dusun Ngemplak
Kepala Dusun Budug
